Entre los manuscritos de la Biblioteca Lázaro Galdiano encontramos desde valiosos códices medievales hasta otros, mucho más modernos, cuyo destino no ha sido el de aparecer en ejemplares numerosos, sino únicos, como es el caso de algunos documentos.
La sección de códices medievales es una de las que más destaca dentro de la colección por la importancia, valor e interés de algunas piezas singulares que hacen de esta colección una biblioteca verdaderamente selecta.
El conjunto de códices latinos es el más numeroso de esta sección, destacando especialmente los libros de horas y aquellos que contienen textos completos o parciales de la Sagrada Escritura. Los primeros forman la serie más conocida por la belleza de los ejemplares, y entre los segundos se pueden citar una Biblia que perteneció al Duque de Sesa y a la Casa de Astorga y otro manuscrito francés que contiene el texto de la versión latina de San Jerónimo. Además encontramos otros textos religiosos, como De Virginitate de San Ildefonso, el códice más antiguo de la colección, y una copia del siglo XV de De civitate Dei de San Agustín, y numerosos códices litúrgicos entre los que se pueden citar el Antifonario de la Misa de la Cartuja del Paular y el Misal votivo de Zamora.
Las obras reseñadas son verdaderamente notables pero sobresalen dos manuscritos franceses Bartholomaeus Anglicus titulada Des proprietés des choses en una copia que se puede fecha en trono a 1400, en vitela y con cuidadísima ornamentación, y otro del tercer cuarto del siglo XV, realizado en Rouen, y que contiene L'Antiquité Judaique, de Flavio Josefo, escrito en vitela y con magníficas miniaturas
También hemos de reseñar el manuscrito hebreo que contiene un Comentario bíblico de R. Salomo Serpati, del siglo XIII.
Con la digitalización de este conjunto de códices medievales la Fundación Lázaro Galdiano pretende conservar un fondo valioso, evitando la manipulación por los investigadores, que sólo se haría de forma muy puntual, y difundir su patrimonio, dos objetivos que figuran entre los fines de la Fundación.